連盟の発足
昭和22年3月

文部省が、「教育研究所開設に関する件」通知を行う。

戦後の我が国の教育の在り方について審議した教育刷新委員会が、「数府県を一単位として地方教育委員会及び地方教育研究所を設ける。」「地方教育研究所は現実に即して教育に関する調査研究を行ひその成果を市町村及び府県教育当局に勧奨するものとする」との提言（第1回報告 昭和21年11月29日 第13回総会決議）を行ったのを受けたもの。
「教育研究所は、教育の目的・内容、方法、及び教育調査・教育測定等についてその原理と実践とにわたって研究し、その研究と実証的成果とをもってあまねく教育にたずさわるものに対して有益な指導と助言とをなし、それによって教育の地についた進歩発達を図ることを目的とする」として、職員構成・A事業内容の参考案を示した。
昭和22年10月

第1回全国教育研究所連絡協議会が開催される。

教育研修所(国立教育政策研究所の前身)初代所長城戸幡太郎が、地方の教育研究所の動向について関心を持ち、全国に生まれ始めた教育研究所との協議の場として開催された。
昭和23年10月

第2回全国教育研究所連絡協議会が開催され、全国教育研究所連盟結成準備委員会が発足する。

全国各地に設置された官公私立教育研究所相互の連絡、調査研究の連携、成果の交換を任務とし、わが国教育の研究調査の充実促進を図ろう、とする「全国教育研究所連盟結成趣意書」を作成し、連盟規約の草案とともに全国の教育研究所及びその他の関係機関宛に発送した。
昭和23年12月

第3回全国教育研究所連絡協議会が開催される。

全国教育研究所連盟が正式に結成され、初代委員長として務台理作教育研修所長が選任される。

各地の教育研究所の動向、研究活動及び運営上の問題について報告と意見交換を行い、 連盟規約草案の審議が行われ、ほぼ原案どおり承認された。また、役員の選出を行い、全国教育研究所連盟結成が正式に確認された。
さらに、昭和20年10月に設立されていた教育研修所を国立教育研究所に改組する案についても審議し、その実現を連盟の名において促進することを決議した。
（昭和24年6月国立教育研究所（現・国立教育政策研究所）発足）
昭和24年5月

第4回全国教育研究所連絡協議会が開催される。研究内容を中心とする協議が行われる。
昭和24年11月

第1回全国教育研究所公開研究発表大会及び第5回全国教育研究所連絡協議会が開催される。

現在の総会・研究発表大会の前身となる公開研究発表大会と、第5回全国教育研究所連絡協議会が、京都府立教育研究所との共催で開催される。
以後、昭和28年度からは春に臨時総会と秋に定期総会、昭和39年度からは春季総会・秋季総会と、呼称が変化しながら年2回ずつ開催されてきた。
昭和52年度からは、総会・研究発表大会と して、年1回春季に全国持ち回りで開催されている。
連盟の事業
研究発表大会

全国教育研究所連盟発足当初の研究発表大会においては、第1回及び第2回の発表数は10数件であったが、第3回以降は約30～50件に増加し、部会制を設けることとなった。

平成25年度総会・研究発表大会からは、参加機関の負担軽減や経費節減の観点から、都道府県指定都市教育センター所長協議会（所長協）の総会・研究協議会と連続した日程で開催している。

共同研究

昭和27年度から3年間、全国教育研究所連盟協力の下、文部省及び国立教育研究所が主催する全国学力水準調査が実施された。
この調査協力の経験から、全国教育研究所連盟内部では、研究に対する気運が高まり、昭和32年度から共同研究が実施されることとなった。

第10期（昭和55～57年度）以降は、大きなテーマによる共同研究と、課題を絞って行う小さな共同研究に分かれ、前者は地方の加盟機関が持ち回りで事務局を担当し、後者は関東地区が担当することとなり国立教育研究所が事務局を引き受けてきた。

第18期(平成16年度～)からは、共同研究のスリム化を図り、地方の加盟機関が持ち回りで事務局を担当する共同研究のみとした。

加盟機関を巡る環境の変化や状況の変化により、共同研究事業の見直しが必要となり、共同研究に替わる新しい事業の在り方を検討することとなった。その結果、平成26年度からは、「全教連課題研究」を開始することとなり、共同研究は第20期（平成22年度～24年度）をもって、終了した。

 全教連課題研究
 従来の共同研究に替わる事業として、共通テーマを設定した上で、複数の加盟機関がそれぞれの切り口から研究に取り組む方式で、平成26年度から開始している。
研究協議会

昭和30年度の研究発表大会において、加盟機関所員による「課題研究部会」として開催され、昭和35年度からは、研究発表大会とは独立して開催されるようになった。昭和37年度から名称を現在の「研究協議会」と改め、開催地の加盟機関が運営を行うことになっている。

平成2年度からは、「教育経営・生徒指導・教育相談等研究協議会（学校経営、教員研修、生徒指導、教育相談、心身障害児教育、道徳、特別活動等）」、「国際理解・生涯学習・教育情報等研究協議会（海外子女教育、帰国子女教育、社会教育、環境教育、教育工学、CAI、図書・資料等）」、「センター運営・事務能率化研究協議会（組織・機構、研修講座等の運営、庶務・会計等）」の3協議会として開催された。なお、平成5年度から「センター運営・事務能率化研究協議会」は「管理運営事務等研究協議会」と改称されている。

平成10年度からは、課題の設定に柔軟性をもたせるため、「管理運営事務等研究協議会」は従来どおりとするものの、他の2つの協議会は「教育指導等研究協議会」「教育課題等研究協議会」として、当面 する教育課題から多様に選択できるようになった。
 
平成18年度から24年度の研究協議会は、研究所の在り方の変化や協議内容の重複を踏まえ、３つの研究協議会を再編し、「カリキュラム研究協議会」と「教育課題研究協議会」の２つとした。「カリキュラム研究協議会」は教育課程、教育指導、評価等に関する研究協議を行うこととし、「教育課題研究協議会」は教育情報、教員研修、その他の課題に関する研究協議を行うこととした。
また、各協議会では、協議会のテーマに応じて国立教育政策研究所の担当官を派遣し、内容の充実に努めることとした。
平成25年度からは、両研究協議会を統合し、これまで各研究協議会において取り上げられてきた内容を含め、加盟機関が直面する様々な今日的な課題について研究協議することとした。
特別研修

第12期（昭和60年～63年度）、第13期（平成元年～3年度）の共同研究において、生徒指導・学校教育相談が取り上げられた。ここで、新たな試みとして採り入れられた実技研修が極めて好評となり、共同研究終了後もその実施が強く要望された。
平成6年度からは正式な事業として発足し、「学校教育相談実技研修会」として毎年1回開催されてきた。

平成23年度からは民間教育研究所連盟の主催事業となり、全教連はその後援をすることとなった。平成24年度からは全教連加盟機関である一般社団法人日本青少年育成協会の主催事業「教育相談・教育コミュニケーション実技研修会」として引き継がれた。

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